Zespół omiki porównawczej ogórka
Kierownik: prof. dr hab. Wojciech Pląder
dr inż. Magdalena Pawełkowicz, prof. SGGW, dr inż. Agnieszka Skarzyńska, Aparna, mgr Szymon Turek
Problematyka badawcza:
W naszym zespole, wykorzystując najnowsze technologie, m.in sekwencjonowanie następnej generacji (NGS) oraz narzędzia bioinformatyczne, analizujemy dane pochodzące z różnych poziomów omicznych: genomów, transkryptomów, miRNomów czy metabolomów, aby głębiej poznać mechanizmy zachodzące w roślinach. Rośliną modelową, którą wykorzystujemy w badaniach jest ogórek.
Kwiaty ogórka żeńskiej linii 2gg
W zespole został złożony nowy genom referencyjny ogórka linii B10 wykorzystując metodę hybrydową długich i krótkich odczytów sekwencyjnych. Została wykonana również strukturalna i funkcjonalna adnotacja genomu. Osiągnięcia te wykorzystujemy w dalszych badaniach dotyczących sprawdzenia wpływu różnych metod generowania zmienności na rośliny użytkowe przez analizy porównawcze linii ogórka uzyskanych w wyniku mutagenezey, zmienności somaklonalnej oraz transgenezy.
Wykorzystując dane własne oraz dostępne w bazach danych wykonujemy modelowanie bioinformatyczne sieci molekularnych interakcji białkowych, co może posłużyć do głębszego zrozumienia wzajemnych powiązań międzycząsteczkowych.
Kontynuujemy prace dotyczące identyfikacji oraz charakterystyki genów i procesów związanych z determinacją płci u ogórka oraz ogólnie u roślin uprawnych. Jest to ważne ze względu na możliwość lepszego poznania oraz kontrolowania wzrostu i rozwoju roślin, co jest szczególnie istotne w obliczu zmieniających się warunków klimatycznych i zagrożeń z tym związanych.
Prowadzone projekty badawcze:
Integracja danych multi-omicznych ogórka w celu identyfikacji mechanizmów determinacji płci i ich uwarunkowań klimatycznych
lata realizacji: 2021 – 2025, NCN, Opus 19
- Analizy porównawcze genomu chloroplastowego ogórka
Genomiczne i transkryptomiczne konsekwencje różnych metod generowania zmienności u roślin
Opracowanie metodyki identyfikacji zmienności genomicznej
Analiza transkryptomów ogórka w rozwiązaniu zagadnienia determinacji płci roślin
Złożenie genomu referencyjnego ogórka linii B10 i jego adnotacja
Publikacje (5 wybranych):
miRNA Profiling and Its Role in Multi-Omics Regulatory Networks Connected with Somaclonal Variation in Cucumber (Cucumis sativus L.)
Pawełkowicz ME, Skarzyńska A, Koter MD, Turek S, Pląder W. (2022) International Journal of Molecular Sciences 23:4317.
Molecular insight into somaclonal variation phenomena from transcriptome profiling of cucumber (Cucumis sativus L.) lines
Pawełkowicz ME, Skarzyńska A, Mróz T, Bystrzycki E, Pląder W. (2021) Plant Cell Tissue and Organ Culture 145:239-259.
Effect of Transgenesis on mRNA and miRNA Profiles in Cucumber Fruits Expressing Thaumatin II.
Pawełkowicz ME, Skarzyńska A, Sroka M, Szwacka M, Pniewski T, Pląder W. (2020) Genes, 11:334.
Genome-wide discovery of DNA variants in cucumber somaclonal lines.
Skarzyńska A, Pawełkowicz M, Pląder W. (2020) Gene, 736:144412.
A high-quality cucumber genome assembly enhances computational comparative genomics.
Osipowski P, Pawełkowicz M, Wojcieszek M, Skarzyńska A, Przybecki Z, Pląder W. (2020) Molecular Genetics and Genomics, 295:177-193.