A. Aparatura badawcza

1) Transmisyjny mikroskop elektronowy (TEM) FEI 268D „Morgagni” z cyfrową akwizycją obrazu i oprogramowaniem do cyfrowej analizy obrazu
− Analiza anatomiczna i ultrastrukturalna materiału roślinnego, zwierzęcego oraz mikrobiologicznego
− Lokalizacja i kwantyfikacja ilościowa i jakościowa (z pełną wielowymiarową analizą statystyczną koincydencji, istotności znakowania oraz oceną zmian poziomów lokalizacji) znakowania molekuł sygnalnych i białek na poziomie ultrastrukturalnym metodą immunoznakowania w materiale roślinnym, zwierzęcym oraz mikrobiologicznym (technika immunogold oraz kolokalizacje typu double-immunogold)
− Lokalizacja nadtlenku wodoru
− Analiza pomiarowa/morfometryczna na poziomie ultrastrukturalnym
− Ocena ilościowa koncentracji nadtlenku wodoru metodą CTED wraz z oceną statystyczną
− Lokalizacja aktywności różnych enzymów

2) Skanujący laserowy mikroskop konfokalny CLSM, Leica DMI6000B SP5 II
− Możliwość wzbudzania naturalnych i sztucznych fluorochromów (barwników fluorescencyjnych) w zakresie ultrafioletu, światła niebieskiego, zielonego i czerwonego
− Detekcja fluorescencji w dowolnym zakresie z dokładnością 1 nm
− Skanowanie sekwencyjne – umożliwia precyzyjną detekcję fluorescencji w momencie, gdy wzbudzone są do fluorescencji dwa lub więcej fluorochromów
− Oddzielna akwizycja fluorescencji dla poszczególnych fluorochromów oraz dowolne ich nakładanie
− Skanowanie preparatów w osi Z umożliwiające rekonstrukcję trójwymiarową takich obiektów jak np. chloroplasty, komórki, fragmenty tkanek (dotyczy roślin i zwierząt)
− Uzyskiwanie widm emisyjnych preparatów mikroskopowych dzięki tzw. skanowaniu lambda co umożliwia lokalizację różnych znanych fluorochromów w strukturach biologiczny, identyfikację nowych oraz precyzyjne ustalanie zakresu “zbierania” fluorescencji dla poszczególnych fluorochromów
− Badania ilościowe zawartości fluorochromów (naturalnych i sztucznych) w poszczególnych strukturach komórkowych, komórkach i tkankach – na podstawie pomiaru intensywności fluorescencji
− Badania jakościowe i ilościowe chlorofilu, karotenoidów, ligniny, fenoli, flawin i tym podobnych naturalnych fluorochromów oraz fluorochromów sztucznych jak fluoresceina, DAPI, rodamina, oranż akrydyny, błękit Nilu
− Badania ko-lokalizacji różnych fluorochromów np. chlorofilu i karotenoidów w chloroplastach
− Badania jakościowe i ilościowe reaktywnych form tlenu lub azotu, glutationu, aktywności niektórych enzymów
− Wykrywanie przedziałów komórkowych o obniżonym pH
− Wykonywanie serii czasowych – badanie jak zmienia się np. intensywność fluorescencji chlorofilu lub aktywność enzymatyczna w czasie
− Badania ruchliwości cząsteczek fluorochromów metodą FRAP w tym naturalnych jak lignina lub np. białek sprzężonych z GFP
− Badania współdziałania makrocząsteczek po sprzężeniu ich z białkami fluorescencyjnymi – metoda FRET. Możliwość wykazania, że cząsteczki znajdują się w odległości mniejszej niż 10 nm od siebie a zatem prawdopodobnie współdziałają
− Badania w trybie światła odbitego (tryb niekonfokalny) np. złogów związków ceru jakie powstają podczas histochemicznej detekcji reaktywnych form tlenu czy w efekcie aktywności enzymatycznej

3) Mikroskopy świetlne z cyfrową akwizycją obrazu
− Stereoskopowy Olympus SZX16
− Klasyczny z DIC Opton Axioskop
− Fluorescencyjny klasyczny z DIC, PH i polaryzacją Olympus AX70 „Provis”
− Fluorescencyjny odwrócony z DIC Olympus IX71
zastosowanie:
− Przygotowanie próbek do analiz mikroskopowych i krojenie skrawków półcienkich do analiz anatomicznych
− Lokalizacja immunofluorescencyjna molekuł sygnalnych i białek z kwantyfikacją ilościową i jakościową (istotności znakowania i poziomu lokalizowanych molekuł)
− Analiza wykonywana na podstawie siły sygnału fluorescencyjnego w oparciu m.in. o parametr CTCF na poziomie tkanek i komórek w materiale roślinnym, zwierzęcym oraz mikrobiologicznym połączona z analizą statystyczną
− Lokalizacja katalazy i peroksydazy
− Podwójna i/lub potrójna immunofluorescencyjna lokalizacja molekuł sygnalnych i białek wraz z oceną ilościową i statystyczną lokalizowanych molekuł
− Detekcja reaktywnych form tlenu – barwienie np. DAB, NBT
− Ocena lokalizacji białek fluorescencyjnych powiązanych z ekspresją konkretnych genów (np. GFP)
− Lokalizacja metali ciężkich w tkankach
− Autofluorescencja związków fenolowych

4) Czytnik płytek Thermo Scientific Multiskan GO oraz spektofotometr kuwetowy
wykonywane analizy:
− Oznaczanie zawartości barwników fotosyntetycznych (karotenoidy, chlorofile)
− Oznaczanie zawartości nadtlenku wodoru
− Oznaczanie aktywności katalazy i peroksydaz
− Oznaczanie aktywności dysmutazy ponadtlenkowej
− Oznaczanie zawartości związków fenolowych – polifenole, flawonoidy, flawonole, antocyjany
− Oznaczanie całkowitej aktywności przeciwutleniającej z wykorzystaniem rodników ABTS, DPPH oraz metody redukcji żelaza
− Oznaczanie peroksydacji lipidów – MDA
− Oznaczanie zawartości proliny

B. Wyposażenie dodatkowe

− Mikrotomy Leica RM2065 i RM2165
− Ultramikrotomy Reichert-Jung, Leica Ultracut E/S wyposażone w noże diamentowe
− Zestaw do technik kriogenicznego utrwalania materiału biologicznego i wykonywania preparatów mrożonych – Leica EM AFS, EM CPC i EM FCS; możliwość stosowania technik: cryosectioning (metoda Tokuyasu), progressive lowering of temperature (PLT), freeze substitution, utrwalanie kriogeniczne (plunge freezing, metal mirror freezing)
− Wibratom: Leica VT 1000S
− Płyty grzewcze z wytrząsaniem: Leica HI 1220 (3 szt)
− Komory z laminarnym przepływem powietrza i dodatkowym osprzętem (palniki gazowe Integra Biosciences Fireboy Eco, oświetlenie robocze, lampy UV, czujniki przepływu powietrza): Holten 1.8 (1 szt.), Telstar AH100 (1 szt.), Polon 1200 (1 szt.) do transformacji roślin, hodowli bakterii, grzybów mikoryzowych, kultur in vitro
− Pokój hodowlany przystosowany do uprawy roślin wyposażony w regały oraz odpowiednie oświetlenie
− Komory hodowlane do uprawy roślin oraz prowadzenia kultur w ściśle kontrolowanych warunkach temperatury, wilgotności i fotoperiodu: Sanyo MLR 350 (3 szt), PHCBI MLR-352H-PE
− Termocykler do przeprowadzania reakcji PCR w czasie rzeczywistym (Real-Time PCR): Bio-Rad CFX Connect
− System do obrazowania fluorescencji i termoluminescencji na żelach agarozowych i membranach: Bio-Rad Gel Doc XR+ Imaging System
− Termocykler do klasycznego PCR: Eppendorf Mastercycler nexus GX2
− Termocykler do in situ PCR: MJ RESEARCH, Inc. PTC-100
− Nanodrop do sprawdzania jakości i czystości kwasów nukleinowych: Eppendorf BioSpectrometer
− Homogenizator kulowy (tissue lyser): Reuch MM400
− System do elektroforezy – Western-Blot: Bio-Rad
− Zamrażarka do głębokiego mrożenia (-80°C): NewBrunswick U410 Premium
− Suszarka próżniowa: TERMED SPT-200
− Wirówka z możliwością chłodzenia prób: Eppendorf 5430R
− Wirówki: MPW-260R, Eppendorf Centrifuge 5415D
− pH-metr z konduktometrem: VWR MU 6100L
− pH-metr: ELMETRON CD-551
− Wytrząsarki inkubatorowe: Memmert IN 30, Biosan ES-20/60
− Cieplarki: ELKON CL-65
− Autoklawy: Laboklav SHP Steriltechnik AG, Zephyr ZEM 1000S
− Małe autoklawy stołowe: Prestige Medical 2100 Classic, Centroclav Connect
− Suszarki laboratoryjne (2 szt)
− Destylarki (2 szt)
− System oczyszczania wody Merc: Milli-Q Direct-Q3 wraz z destylatorem TANKPEO30
− Termoblok z wytrząsaniem: Eppendorf ThermoMixer C Eppendorf
− Densytometr: Biosan DEN-1B
− Wagi analityczne: Radwag AS 110.R2 Plus oraz WPS 210/C/1
− Łaźnie wodne (2 szt)

C. Specjalistyczne oprogramowanie/bazy danych

Oprogramowanie ImageJ, Fiji, Jalview, PyMOL, CELLmicrocosmos Membrane Editor, AIDA, TMHMM, Photoshop, Corel (do obróbki dokumentacji fotograficznej).

Wykonywane analizy w oparciu o oprogramowanie:
− Projektowanie starterów dla reakcji PCR
− Znajdowanie i wybieranie sekwencji odpowiednich to projektowania przeciwciał kierowanych wykorzystywanych w lokalizacji lub do interakcji z receptorami komórkowymi
− Analiza bioinformatyczna sekwencji białkowych i nukleotydowych w kontekście tworzenia drzew filogenetycznych pokrewieństwa/różnic pokrewieństwa
− Tworzenie drzew filogenetycznych na postawie zdjęć rozdziału elektroforetycznego sekwencji po cięciu restrykcyjnym lub niepokazujące pokrewieństw np. organizmów bakteryjnych
− Tworzenie modeli trójwymiarowych białek z wizualizacją i obrazowaniem domen aktywnych
− Tworzenie modeli błon biologicznych i obrazowanie interakcji białek transbłonowych
− Przewidywanie lokalizacji lub obecności domen transbłonowych z analizą struktury 3D tych obszarów
− Pełna analiza obrazu mikroskopowego poprzez analizę kanałów, tworzenie stagów czy analizę parametrów zdjęcia